Het 'leeglopen' van de voorraad serotonine is eigenlijk een oversimplificatie van wat er eigenlijk gebeurd in je brein door MDMA. Er zijn daarnaast zeker drie manieren waarop MDMA de activiteit van serotonine-neuronen vermindert: terugtrekken van receptoren in de cel, beschadigen van receptoren en beschadigen van dendrieten. Daarvan zijn een aantal typen schade blijvend.
Het terugtrekken van receptoren is de cel is een tijdelijk effect. Het zorgt ervoor dat je snel tolerantie ontwikkelt voor de effecten van MDMA. Bij MDMA lijkt dit effect redelijk sterk te zijn. Dat betekent ook dat als de MDMA is uitgewerkt, dat je dan tolerantie hebt voor de normale activiteit van serotonine in het brein. Daardoor kun je ongeveer 2 weken verlaagde activiteit vertonen.
In farmacologische onderzoeken (bij dieren) wordt er van uit gegaan dat elk type schade wat overblijft na 2 weken permanent is. De receptoren kunnen namelijk beschadigd raken door afbraakproducten van MDMA (vrije radicalen) via een proces dat oxidatieve stress heet. Als dat gebeurt dan botsen er zeer reactieve deeltjes tegen de receptor, die daarmee de vorm van de receptor compleet veranderd. De receptoren herstellen zich niet meer van dergelijke schade (zo wordt aangenomen).
Daarnaast kunnen de uitlopers van zenuwcellen (dendrieten) beschadigd raken. Die uitlopers bepalen de hoeveelheid verbindingen van een neuron met andere neuronen. Middels dieronderzoeken is aangetoond dat gebruik van hoge doseringen MDMA het aantal dendrieten sterk kan verminderen en daarmee leiden tot een verminderde connectiviteit in het brein.
Het is dus niet zo dat als je even 6 weken geen MDMA neemt dat je dan helemaal hersteld bent, dat dan de voorraad is aangevuld, en je weer helemaal los kunt gaan. Het is meer zo dat die 6 weken (of soms 3 maanden) regel in het leven is geroepen om mensen ervan bewust te maken dat je MDMA zeker niet elke week moet gebruiken. Ook is het belangrijk om de dosis laag te houden elke keer dat je gebruikt. Verder helpt het om de omgevings- en lichaamstemperatuur laag te houden en kunnen anti-oxidanten (zoals bijvoorbeeld vitamine C) helpen de oxidatieve stress te verminderen.